Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat INSTIPER melakukan kerja sama baik di bidang penelitian maupun pengabdian kepada masyarakat dengan beberapa perusahaan, instansi dan perguruan tinggi.
Berikut daftar kerjasama LPPM INSTIPER dengan pihak luar.
| No | Nama Kegiatan | Partner Kerjasama | Jangka Waktu |
| 1 | Pengembangan Kecakapan Hidup Pertanian Untuk SD dan SMP di Kec Donorojo, Kab Pacitan | PT ASTRA Internasional Tbk & Yayasan Pendidikan ASTRA Michael D. Ruslim | 10 Sept 2018 - 30 Agustus 2019 |
| 2 | Program Pelatihan Operator Pabrik Gula | PT Muria Sumba Manis | 1 Februari 2021 - terpenuhi seluruh program pelatihan |
| 3 | Pengembangan Program Keanekaragaman Hayati Berbasis Wisata Edukasi, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat, Untuk Meningkatkan Pelestarian Lingkungan dan Pemberdayaan Masyarakat. | Lembaga Studi dan Tata Mandiri (LESTARI) | Mei 2021 - Mei 2022 |
| 4 | Pendampingan Desa Sejahtera Astra di Kab Pacitan | ESR PT Astra Int' | Nov 2020 - Sept 2021 |
| 5 | Pendampingan Program Desa Sejahtera ASTRA | ESR PT Astra Int' | 24 Januari 2022 - 24 Januari 2023 |
| 6 | Analisa Cepat Monitoring Kesehatan Tanaman Kelapa Sawit dengan Pendekatan Remote Sensing | PT Binasawit Makmur | Januari 2022 - Desember 2023 |
| 7 | KWEF Research Grant Program 2023 dengan judul "Management Of Water Availability Based On Rainwater Harvesting And Smart Precision Irrigation Technology In Areas Prone To Drought In Karst Ecosystems - Indonesia" | Kurita Water and Research Foundation (KWEF) Overseas Research Grant 2023 for Indonesia, Malaysia, Thailand and Vietnam, | September 2023 – Oktober 2024 |
| 8 | Penyusunan Penetapan Dokumen Keanekaragaman Hayati | Dinas Lingkungan Hidup dan perhubungan Kabupaten Tuban | 30 Oktober 2023 - 28 November 2023 |
| 9 | Perjanjian Kerjasama LPPM Instiper dengan LPPM Universitas Sanata Dharma tentang Penelitian, Pengabdian Kepada Masyarakat & Publikasi Ilmiah (Penelitian GRS-PSKS) | LPPM USD Yogyakarta | 20 Nov 2024 - 20 Nov 2026 |
| 10 | Perjanjian Kerjasama LPPM Instiper dengan LPPM Universitas Atma Jaya Yogyakarta tentang Penelitian Grant Riset Sawit Tahun 2024 | LPPM UAJY | 20 Nov 2024 - 20 Nov 2026 |
| 11 | Kontrak pelaksanaan kegiatan lahan percobaan (upgrade antenna farmer) tebu dengan PT Kobuta | PT. Kubota Machinery Indonesia | 26 Mei 2025 - 30 Desember 2026 |
| 12 | Peningkatan dan Pengembangan Potensi Sumber Daya Daerah Kabupaten Bantul Melalui Kerjasama Bidang Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan Kepada Masyarakat | Pemerintah Kabupaten Bantul | 20 Mei 2025- 20 Mei 2030 |
| 13 | Penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi dan Penyelenggaraan Program Kampung Tematik di Kota Yogyakarta | Pemerintah Kota Yogyakarta | 21 Mei 2025 - 21 Mei 2030 |
| 14 | Pelaksanaan Tridarma Perguruan Tinggi Dalam Rangka Pengembangan Potensi Sumber Daya Daerah | Pemerintah Kabupaten Kulon Progo | 29 September 2025- 29 September 2030 |